芦墟实验小学创建于清光绪三十一年(1905年)，由乡绅陆欧安等人在三官堂（今分湖公园）设立陶冶学堂，推行新式教育。第二年镇人陈介安在东栅义学旧址（今建材路10号后面）开办敬业初等小学堂。清宣统元年(1909年)陶冶学堂因学田租米移作团防费而停办。民国元年(1912年)5月芦墟乡立陶冶初高等小学在安厅弄（后称九曲弄）复校，校长教员共8人，学生61人。民国2年8月陶冶与敬业初小合并，称芦墟乡立第一小学校。民国4年9月，高等部重设在三官堂，名“吴江县立第六高等小学校”。经过几年的修建，校舍渐具规模：居中三楼三底教室，东面三间楼房是办公室和宿舍，并有操场、篮球场、饭厅和图书室。 民国14年5月24日，第六高等小学十周年校庆，同时举办首次镇小学生运动会。民国19年（1930年）春，县立六高与乡立第一初小合并，改称县立芦墟小学，并开办幼稚班，编印季刊《芦墟声报》。民国20年东栅初级小学建制上归并芦墟小学，在原址上课。民国23年4月、6月县长徐幼川两次到校视察，留下记录：“校舍分东中西三所，学生542名，校长张君不在，教员18人。闻功课极为忙碌。”不久，九曲弄初小建成教学楼。
      民国26年(1937年)11月，日军侵入，学校停课。第二年，勉强复课，上课时断时续。教学楼被日军“扫荡”时烧毁。31年秋，在九曲弄原址焦土上建数间平屋，设3个低级班，称“一部”；中高年级借用西南方向典当栈房的清华中学旧址，称“二部”。抗日战争期间校长变动多。
      民国34年(1945年)9月抗战胜利，县立芦墟小学宣告复校，仍“暂借旧当栈房为校舍”，12只教室；586名学生，16位教职员。35年初，学校改名为芦墟镇中心国民学校，辅导一镇二乡（东秋、汾溪）的公私立小学校；学生572人，下半年增加到704人；教职员23人；管理层有校长和教务、总务、训育主任。校舍：“一部”属校产，房屋面积约400平方米，游戏地150平方米；相隔几块水田的“二部”系向柳姓租借，房屋面积500多平方米，游戏地等约450平方米。
      解放初，仍是中心小学体制，并开始成立少先队组织。1951年9月，改名为芦墟镇九曲弄中心小学校，下辖东南街小学和13所村小。1955年10月，改名为吴江县西中街小学，中心校职能不变。1962年4月成为芦墟公社中心校。1965年9月因镇社分开，又恢复芦墟镇中心校。50年代中期，学生从12班500余人增加到15班700多人，教职员工26、27人。政府拨款翻造部分校舍，添置教学设备；将农田建成操场、篮球场。在校园北部建造一排平房教室。60年代中前期生源增多，增设民办班和民办教师，改造、修建南部教室。“文化大革命”期间的1968年学校改名芦墟镇红色小学。1974年改名为芦墟镇第一小学。70年代中期修建学校礼堂，开设校办厂。1976年秋至1978年夏附设两年制初中2个班，106人，4位教师。1981年3月，一至五年级11个班504名学生，2个幼儿班98人，教职工30人。学校占地0.4公顷，建筑面积1522平方米。1983年5月下旬，费孝通教授一行到校考察。1987年在校园西北隅建造800多平方米的三层教学楼。1988年8月，东南街小学撤消并入中心小学，原中心小学幼儿班搬入东南街小学旧址，改为芦墟幼儿园，仍属中心小学领导。全校六个年级18个班790名学生，46位教职工。
      1989年8月，在芦北的芦墟第二中心小学建制上并入芦墟中心小学。学校下属芦北、伟明、城司、高树四个辅导片，22所村小，共有87班，2859名学生，教职工135人。1992年，政府首期投资80万元，在分湖园路征地建造新校舍。2幢教学办公楼和配套的辅助房于1993年4月完工，5月3日新校舍启用。芦墟幼儿园于5月份搬入九曲弄（原小学旧址）。1995年建成永鼎书苑、画廊。1997年建成第三幢教学楼和车棚等。1999年建成第四幢大楼。期间，扩大施教区，学生由20班800多人增至2000年的24班1123人；教职工60人。学校占地1.79公顷，建筑面积5882平方米，有标准操场。各项设施趋于教育现代化。儿童化的校园美景，被吴江、苏州和中央教育台等媒体多次报导。素质教育质量稳步提高，被评为苏州市常规管理示范小学。
      2003年8月毗邻的原芦墟高中校舍划给中心小学，学校成东西两个校区，占地面积3.46公顷，建筑面积12574平方米。农村小学由22所撤并成6所。8月26日，中心小学与芦墟外来工子弟学校签订协议，支援辅导后者的教育教学。2003年8月至2006年8月，先后撤并伟明、芦北、秋甸、东玲、高树、城司村小学，完成撤并工作。2004年创建江苏省实验小学成功。2005年，时值百年校庆，学校更名为“吴江市芦墟实验小学”。
      至2008年12月，学校拥有教学楼、科学实验室、微机室、音乐室、图书馆、食堂等建筑，其中设有科学实验室2个，微机房2个，音乐室1个，室内体育馆1个，室外大操场2个，其中一个为塑胶操场，学校建立校园网1个。
      学校共有34个班级，学生1435人，教师98人，其中本科学历32人，大专学历50人，教师有小学中学高教师职称1人，小学高级教师职称67人。吴江市学科带头人1名，吴江市学术带头人1人，吴江市教学能手 5 人，吴江市教坛新秀 11 人，吴江市教科能手1人，教科新手1人。学校的入学率、巩固率、毕业率始终保持100%。
      学校重视环境教育及教育科研工作。八五期间就开展教育科研工作；九五期间，学校确立了《小学特色劳技教育的研究》，并在苏州市立项；十五期间，学校以《农村小学环境教育的理论与实践研究》、《城市化进程中农村小学环境教育的个案研究》为主课题，进一步巩固了学校的办学特色；十一五期间，学校又申报了苏州市级课题《小学绿色课堂建设的策略研究》，将科研的视角直击课堂。
      1991年，被吴江市环保局评为环境教育先进集体，同年获苏州市绿化达标单位， 95年获苏州市中小学实验教学工作先进学校，96年被评为苏州市常规管理示范小学，98—02年连续五年获环境保护工作先进集体，1999年评为苏州市农村儿童文化园， 2002年评为苏州市青少年科技教育特色学校，2003年评为苏州市特色文化学校，2003年授予第七届地球奖，2003年全国创建绿色学校活动先进学校， 2004年获中德合作校园环境管理项目首批试点学校，同年被吴江市科学技术局、技术协会、教育局定为科普教育基地，2004年评为苏州市德育先进学校， 2004年度评为苏州市少先队宣传工作先进集体，2005年度获全国中小学思想道德建设活动集体一等奖， 2006年评为吴江市首批苏州市语言文字工作规范学校，苏州市德育示范学校，苏州市教育信息化先进学校；学校2004至2008年年度工作考核连续5年获吴江市一等奖。
      自建校至2008年12月，学校获得国家级荣誉 17次，省级荣誉    13次，苏州市级荣誉28次，吴江市级荣誉177次。教师获国家级荣誉    16人次，省级荣誉5人次，苏州市级荣誉27人次，吴江市级荣誉186人次。教师在各级各类竞赛中获国家级奖181人次，省级奖80人次，苏州市级奖89人次。学生在各级各类竞赛中获国家级奖228人次，省级奖75人次，苏州市级奖208人次。先后有2位教师被当先为吴江市党代表，2位教师当选为吴江市人大代表。7位教师为苏州市优秀教育工作者。1位教师为吴江市政协委员。
      芦墟实验小学是一所百年老校，学校提出了团结、进取、开拓、创新的校风，敬业、爱生、博学、严谨的教风，勤学、守纪、求实、上进的学风。
      学校在办学探索过程中，进一步形成了“构建教育生态化平台，促进学校可持续发展”的办学理念，将办学理念落实在“营造和谐的教育生态环境，关注鲜活的个性生命特征，开掘学校可持续发展空间”三大目标上，向形成优质教育资源，办人民满意的教育目标迈坚实的步伐。
      学校历任校长和党支部书记：1905陆欧安，1912沈毓清，1915梅先、王荫乔，1930张宗佑，1935沈光裕，1937——1945抗战期间先后有顾润秋、陆百畏、陆祖丰、张涧秋、褚宗良等，1945——1946钱金林，1946——1947王荫乔，1947——1948钮佩玉，1948——1949凌国瑾，1949——1950王仲煊，1950——1954陆祖丰，1954——1957顾家栋，1957——1962顾熊飞 、 顾南寿，1962——1964童熙荣，1964——1968周志强，1968——1974（工宣队），1974—1984周秒求校长书记，1984—1989邱云校长书记，1989—1991张俊校长、邱云书记，1991—2003张俊校长、书记，2003—2005屠菊红校长、张俊书记，2005——2014屠菊红校长书记，2014——2015屠菊红校长、张雪忠书记，2015——2017张雪忠校长、屠菊红书记，2017——张雪忠校长书记。